Транспортный налог за 2015-2016 годы, можно ли вернуть налог за счет платона?

Что касается 2015 года, однозначно нет. Тогда такой возможности предусмотрено не было. Уменьшать транспортный налог на сумму платежей по Платону можно только с 2016 года.
В данной ситуации не вижу особого смысла это делать, так как транспортный налог так или иначе учтен в расходах. Если делать его пересчет, то придется составлять уточненку и то только с учетом суммы платежей по Платону за 2016 год.
Это повлечет за собой пересчет базы по налогу с доходов (УСН доход-расходы) или прибыли. Насколько это необходимо? Если все же это так необходимо, то сумму перечислений по платону за 2016 год нужно сравнить с суммой транспортного налога (п. 2 ст. 362 НК РФ).
Если она окажется больше, то транспортный налог к уплате будет равен нулю, что и следует отразить в уточненке. Если меньше, то просто сумма транспортного налога будет меньше и опять таки это нужно отразить в уточненке. Сдав декларацию, придется 3 месяца ждать окончания камеральной проверки, как только она закончится и будет и положительное решение, можно решать вопрос о том, что делать с возникшей переплатой.
При этом если налога к уплате не будет, на его сумму нужно будет скорректировать базу по доходам (прибыли) и пересчитать налог и также сдать уточненку (декларацию по УСН или налогу на прибыль в зависимости от применяемого режима).Соответственно доплатить причитающиеся налоги. Финансово эта операция может быть и выгодна, но стоит ли овчинка выделки решать предпринимателю.