Не надо искать логику там, где ее нет.
На мой личный субъективный взгляд, данные шаги последствия очень простой вещи: придумщики ЕНС никогда в жизни не читали Налоговый кодекс РФ, посему не имели никакого понятия о механизме уменьшения УСН и ПСН на взносы ИП за себя и ВООБЩЕ не предусмотрели этот фактор при разработке ЕНС.
Когда систему внедрили сразу на всю страну, оказалось (неожиданно!!!), что механизма уменьшения УСН и ПСН теперь не существует. И они начали придумывать и отменять разные ходы на коленке, в режиме реального времени. Отсюда и пошли бессмысленные заявления на зачет и отправка денег в резерв, потом подача заявлений стала добровольной. Все заявлениями возмущались, накупили ЭЦП под них. Да они и не работали в реалиях ЕНС: деньги из резерва могли быть сняты под другие уплаты.
Тогда законодатели пошли на ныне существующий шаг: для уменьшения платить взносы не обязательно. Все равно в реалиях ЕНС отследить уплату взносов в течение года с правилом их обязательной уплаты 31 декабря просто невозможно.
Так что это экстренные вынужденные решения, которые могут лишить бюджет денег. Но сам механизм ЕНС лишил же денег регионы (после чего они начали менять правила НДФЛ) и это стало понятно только потом. Честно, я думаю, они не до конца поняли, что сделали) Но обязанность по уплате взносов не отменена и многие ИП распределяют их уплату на весь год и без права на уменьшение налогов, чтобы снизить финансовую нагрузку.