В соответствии с п.2 ст. 346.28 НК РФ ИП встает на учет по месту жительства, если осуществляет виды предпринимательской деятельности, указанным в подпунктах 5, 7 (в части, касающейся развозной и разносной розничной торговли) и в подпункте 11 пункта 2 статьи 346.26 настоящего Кодекса.
П. 5 – это как раз оказание автотранспортных услуг по перевозке пассажиров и грузов, осуществляемых организациями и индивидуальными предпринимателями, имеющими на праве собственности или ином праве (пользования, владения и (или) распоряжения) не более 20 транспортных средств, предназначенных для оказания таких услуг.
Таким образом, вы для ведения деятельности по грузоперевозкам на ЕНВД должны регистрироваться не на территории Москвы, а на территории Башкортостана. А значит, имеете право применять ЕНВД, а деятельность вести в Москве.