Добрый день!
Если я верно вас поняла (вы подаете уведомления об исчисленных налогах после каждой уплаты), вы делаете абсолютно не правильно!
Уведомление - это аналог декларации, а не аналог платежки. Уведомлением вы показываете, сколько вы должны уплатить по сроку уплаты, а не сколько вы заплатили или хотите заплатить по факту.
Принцип работы УСН очень понятен и прост. Неважно, когда, как и сколько вы кидаете денег на ЕНС. Хоть каждый день по рублю кладите, хоть 1 млн 1 января положите, хоть прям перед наступлением срока уплаты ровно сумму к уплате.
Рассмотрим ваш налог - налог при УСН. 28 апреля - срок уплаты аванса по УСН за 1 квартал. Налоговики должны забрать у вас с ЕНС сумму аванса за 1 квартал. Откуда они узнают, сколько забирать? 25 апреля вы подадите уведомление, в котором расскажете, что ваш аванс - столько-то. 28 апреля они снимут у вас с ЕНС ровно эту сумму. И именно по той же причине уаедомление за год подавать не надо: налоговики из декларации по УСН, которую сдают до 25 числа, узнают, сколько взять 28 числа денег с ЕНС.
Зачем подавать несколько уведомлений, на каждую уплату? Какой в этом смысл? Снимут деньги только 28 числа и столько, сколько указано в последнем уведомлении (если их подано несколько). Важно, чтобы на 28 число на ЕНС у вас было положительное сальдо в нужном размере.