Добрый день!
Все наоборот. Я так полагаю, что вы с сотрудником не поняли друг друга.
Уменьшаем годовой доход на 300 000, а не квартальный. А вот на 1% с превышения можно уменьшать аванс каждый квартал.
Важное правило - авансы считаем нарастающим итогом.
Например.
1 квартал. Доход 1 000 000. 6% = 60 000 - аванс за 1 квартал. Его можно уменьшать на фиксированные взносы ИП за себя, (на 53 658 руб.), и на 1% с превышения. Считаем 1% с превышения на конец первого квартала. 1 000 000 - 300 000 = 700 000 * 1% = 7 000 руб. Итого к уплате за 1 квартал: 60 000 (6%) - 53 658 (взносы ИП за себя) - 7 000 (1% с превышения) = 0. Ничего не платим.
2 квартал. Доход 2 000 000 (1 млн за 1 квартал + 1 млн 2 квартал). 6% = 120 000 - аванс за полугодие. Его уменьшаем на фиксированные взносы ИП за себя (на 53 658), и на 1% с превышения. Считаем 1% с превышения на конец полугодия. 2 000 000 - 300 000 = 1 700 000 * 1% = 17 000 руб. Итого к уплате за полугодие: 120 000 (6%) - 53 658 (взносы ИП за себя) - 17 000 (1% с превышения) = 49 342. Если бы за 1 квартал был бы начислен аванс, его бы мы тоже отсюда вычли.