НПД договор с физиком, а оплата от ИП?

Для вас лично, по моему мнению, ничем не чревато. Только налог будет 6 процентов, как вы правильно отметили. Ведь оплату вы получите от юрлица. У вас бухучёт никто проверять не будет. Чтобы снизить налог, отдельно в договоре пропишите коммунальные услуги. Так как, если по условиям договора аренды квартиры самозанятый получает от арендатора компенсацию оплаты электричества и воды по счетчикам, то эти суммы не являются доходом. И с них не нужно платить НПД (Письмо ФНС от 13.06.2019 N СД-4-3/11446@). Но важно, чтобы выполнялись 2 условия:
1)плата за коммунальные услуги должна зависеть от их фактического потребления нанимателем;
2)плата должна фиксироваться на основании надлежаще установленных индивидуальных приборов учета.

Добрый день!

ИП - это не юрлицо. ИП и физик - один и тот же человек. 

Вы как плательщик НПД можете работать как с физлицами, так и с ИП и с юрлицами. ИП хочет учитывать аренду в расходах? Ну и прекрасно. Отмечаете у себя как оплату от ИП, платите 6% вместо 4%. Ничем вам это не грозит.