Добрый день!
Выскажу свое личное мнение, не претендующее на истину в последней инстанции. Тем более, что информацией по ценам Контура полностью не владею. Но владею информацией по другим системам сдачи отчетности.
На мой взгляд, 3500 в год это нормально. Это даже ниже того, с чем имею дело я. Но тут надо делать скидку на регион, количество подключений, возможно, количество сдаваемых отчетов.
По поводу того, включается ли цена подключения в цену бухуслуг. Возможен любой вариант, в зависимости от того, как заключен договор, то есть от того, как вы сами договоритесь с бухгалтером. Мне кажется, что слово "должна быть включена" тут не подходит. Но на мой вкус, лучше эти моменты разделять. То есть, и вам, и бухгалтеру лучше, чтобы цена была прописана детально. За подключение отчетности - столько-то, за сдачу нулевых отчетов (например) - столько-то. А вдруг появится больше работы? Меняем цену: сдаем уже не только нулевые отчеты, появляется какеой-то учет, цена за это возрастает. И всем понятнее, из чего скадывается стоимость услуг бухгалтера.