Добрый день!
Никаких особых нюансов нет, проводить покупки через ОЗОН в 1С следует так же, как и от любого другого поставщика.
Например, сотрудник купил в частном порядке какой-то товар для нужд организации на ОЗОН. Он получает чек, который можно принять к учету (ОЗОН выставляет верные чеки). Важно понимать, что следует принимать к учету тот чек, который выдается с товаром, а не тот, который выдается при перечислении предоплаты ОЗОН.
С юрлицом все еще проще. ОЗОН выставляет счет, который вы оплачиваете. Потом вы получаете товар, а по ЭДО ОЗОН присылает отчетные документы (УПД), на основании которых вы оформляете поступление.