ИП: ОСН и ПСН, распределение расходов по видам деятельности

Прежде чем формировать КУДиР, следует проверить настройки учетной политики организации. Они могут повлиять на правильность формирования книги. Вы должны указать, что у вас и ОСН и патент, с какой даты патент и на какой период. Чтобы в КУДиР попадали расходы по зарплате документы должны быть проведены в правильной хронологической последовательности - начисление и выплата зарплаты. Дальше смотрите сам вид начисления. У вас должен быть отдельно вид начисления «оклад» для осн и отдельно «оклад» для патента. В виде начисления, например, «оклад» обратите внимание на способ учета зарплаты, он должен быть разным для работников, занятых в деятельностях, попадающих под разные системы налогообложения. Думаю именно там надо искать причины неправильного отражения расходов.

Анастасия, я немного не понимаю: у Вас в 1С в справочнике "Организации" одна организация?
Думаю, что стоит завести ещё один ИП, как организацию, а сотрудникам определить место работы: в каком из ИП они работают. В этом случае, расходы по ним попадут туда, куда следует.