Фрилансер (исполнитель), зарегистрированный в качестве ИП (УСН 6%, доходы), оказывает услуги по...

К сожалению "иным способом" можно трактовать как угодно.

По поводу НДС - все упирается в НК Часть 2. Статьи 161 и 174.2 (тот самый "налог на Гугл").

Описанная в вопросе ситуация (или аналогичные ей) активно обсуждаются на множестве форумов, при этом к единому мнению участники обсуждений не приходят. Основные тезисы обсуждений следующие:

В первом случае (налоговая база берется со счета ИП в банке РФ):
Суммы "Сервисных сборов", удержанных у фрилансера, не попадают в налоговую базу УСН, так как с биржи деньги перечисляются уже после удержания указанных сборов.
К тому же, если нужно платить агентский НДС за "Сервисный сбор" удерживаемый биржей у фрилансера в автоматическом режиме с каждого поступающего платежа от заказчика, то откуда брать его суммы?
Из плюсов - счета в банках РФ доступны для проверок ФНС и не возникает проблем с первичными документами для КУДИР - выписками по счетам клиента российского банка.
Если суммы с биржи выводятся в валюте, то пересчет поступлений по курсу ЦБ производится на день зачисления на транзитный счет ИП в банке РФ. То есть вместо пересчета каждого из множества платежей поступивших фрилансеру от разных заказчиков в разные даты будет иметь место разовый пересчет "сборного" платежа поступившего в банк РФ с биржи.

Во втором случае (налоговая база берется с сайта биржи):
Дебетовые транзакции на сайте биржи содержат полные суммы поступлений от заказчиков, а значит суммы "Сервисных сборов" попадут в базу УСН и и определят суммы агентского НДС в случае необходимости его уплаты.
Но могут ли суммы, отражаемые на сайте, считаться доходом, если в реальности распорядиться ими нет никакой возможности до перечисления на счет в банке РФ?
Могут ли распечатки транзакций на английском языке в виде скриншотов с сайта биржи служить первичными документами для КУДИР?
В отличие от первого случая, перерасчет поступлений по курсу ЦБ здесь носит множественный характер, то есть производится на каждое поступление валюты (как правило, это множество мелких платежей), а не раз в месяц при выводе средств в банк РФ.
Нужно ли платить агентский НДС за "Сервисный сбор" удерживаемый биржей у фрилансера в автоматическим режиме с каждого поступающего платежа от заказчика в день его удержания? Если так, то фрилансер обязан практически безвылазно находиться на сайте и следить за движением средств на нем. При этом учитывая разницу во времени (например, 12-20 часов) зачастую будет получаться, что дата транзакции на сайте в США значится, скажем 28.04.2017, а фрилансер, находящийся в Сибири, увидел эту транзакцию уже по своему часовому поясу - 29.04.2017, и следовательно опоздал с оплатой агентского НДС на сутки. Разница в часовых поясах может повлиять также и на размер налоговой базы из-за необходимости ее пересчета по курсу ЦБ на дату получения дохода.

Из всего сказанного вытекает, что выбор места (и времени) учета доходов значительно повлияет на величину налоговой базы и разъяснения по этому вопросу принципиально важны для предпринимательства в указанной сфере деятельности.

По разным оценкам в сфере фриланса через интернет трудятся сегодня около 5 млн. человек (буквально вчера прочел где-то, что Роскомтруд оценивает эту цифру аж в 12 млн.). Подавляющее большинство столкнувшись со сложностью понимания действующего налогового законодательства в этой сфере не видит для себя возможности работы "в белую". Однако растет число и тех, кто хотел бы платить налоги - вот для них и надо бы прояснить что и как.