Подскажите пожалуйста, если компания - резидент Сколково работает на ОСН и не платит НДС, а клиенты...

Добрый день!

Механизм НДС таков. Фирма на ОСНО при продаже получает оплату за свои товары/услуги с НДС. При покупке товаров/услуг фирма также оплачивает поставщикам сумму с НДС, если поставщик в свою очередь является плательщиком НДС, или без НДС, если поставщик освобожден или не является плательщиком НДС.

К уплате в бюджет идет НДС, который фирма получила от своих покупателей, уменьшенный на НДС, который в свою очередь оплатила своим поставщикам (есть и иные условия, но сейчас я говорю грубо, только о расчетах). Если фирма не уплатила своим постащикам НДС, так как поставщик освобожден или не является плательщиком НДС (как вы для своих клиентов), то и уменьшать свой НДС ей не на что! Возместить НДС, конечно, ваш клиент сможет, но вы тут не при чем, он будет уменьшать его за счет других поставщиков. 

Или вы какую-то иную ситуацию имели в виду?  

Для того что бы принять НДС к вычету должны быть соблюдены условия: ТМЦ, работы, услуги приняты к учету; продавец участвует в деятельности, облагаемой НДС; получен верно оформленный счет-фактура (ст. 171 НК, ст. 172 НК). Резиденты Сколково освобождены от исчисления и уплаты НДС. Поэтому НДС в своей деятельности не выделяют, включают в стоимость товара. У покупателя нет законных оснований принимать НДС к возмещению.