Моментом определения налоговой базы по НДС в случае выполнения работ признается (в том числе) день передачи (выполнения) работ (п. 1 ст. 167 НК РФ). То есть по работам моментом возникновения налоговой базы по НДС следует признавать дату подписания акта сдачи-приемки работ заказчиком, даже если между датами выставления документа подрядчиком и подписания его заказчиком прошел определенный промежуток времени, ограничения по продолжительности периода здесь НК не накладывает.
Потому и счет-фактуру можно будет выставить в течение пяти дней с момента определения налоговой базы, то есть после подписания акта заказчиком.
Но конец квартала - это очнь щепетильный момент, к которому налоговики относятся очень трепетно. Что помешало Вам выставить сч/ф 30 июня? Ваш покупатель примет и 03 июля, у него все хорошо. А вот в Вашем случае люди доходят до арбитража. И суд встает на сторону налогоплательщика, но нервы... Я бы выставила сч/ф (пусть даже и с нарушением хронологии, это все таки методологическая ошибка, штрафами не карается), и быстренько пересдала декларацию за 2 квартал.