Здравствуйте! Для начала хорошо бы выяснить, по какой причине вы пропали из реестра субъектов малого и среднего бизнеса. От этого будут зависить дальнейшие действия. У нас есть материал на эту тему, посмотрите его.
Не исключено также, что это просто технический сбой. Кстати, недавно ФНС обновила такой реестр.