"Порлучается, что сейчас делаем верно?" - сейчас Вы переписали мои проводки с субсчетами 1С, так что на мой взгляд, Вы все делаете верно))
"для подтверждения списания на расходы топлива в данном случае, все равно необходимы путевые листыЮ запорлненные Подрядчиком?" - здесь не могу сказать однозначно. Но думаю, какие-то документы всё-таки понадобятся.