В декабре 2021 года оборотно сальдовая закрылась кое как. В январе 2022 появилось -40000000. что не...

Марина, добрый день! 

По данным обороткам тяжело, конечно, разобраться. Какие счета ввели, что заносили, что не заносили, тем более не видя в целом ваши цифры (бюджетные ассигнования и пр.). Но, однозначно да, учет велся не в полном объеме.

А как сдавали отчетность за 2022 и 2023 годы? Может в пояснительной записке что-то раскрывали? 

У вас есть вышестоящая организация? Я бы порекомендовала обратиться за помощью в вышестоящую организацию, кто принимает вашу бухотчетность.

По хорошему, нужно брать свои данные и "проваливаться" в цифры по отчетам в 1С, что где не идет, не сходится и т.д. 

По поводу обучения. Очень рекомендую пройти повышение квалификации по своему типу учреждения (вы же казенное? судя по 501 счету). Тем более, что главные бухгалтеры должны делать это ежегодно, слушать определенное количество часов.