Конечно. У арендодателя свой доход, у Вашего сотрудника свой. Это не налоги компании, это налоги получателя дохода. Вы в данном случае лишь в соответствии со ст. 226 НК выступаете налоговым агентом.
Оплата аренды жилья для работника признается его доходом в натуральной форме. Поэтому облагается НДФЛ и страховыми взносами. Единственный случай, когда она освобождается от НДФЛ и страховых взносов – когда оплата аренды жилья является компенсационной выплатой, которая предусмотрена законодательством РФ, законодательными актами субъектов РФ, решениями представительных органов местного самоуправления.