Добрый день!
Здесь налицо нарушение пп. 8 п. 2 ст. 6 закона 422-ФЗ: не признаются объектом налогообложения НПД доходы, полученные от работодателя.
Доходы, полученные от этой организации по ГПД, должны облагаться НДФЛ и взносами.
У этого работника есть другие заказчики как у самозанятого-эвакуаторщика? Если есть, то наличие договора ГПД с организацией лишает его возможности применять НПД и в отношении других клиентов.