Добрый день!
Для расчета НДФЛ начисление зарплаты за месяц теперь не имеет никакого значения. Важно, когда выплачен доход. Если лимит был превышен при выплате дохода в ноябре, то вычет за ноябрь-декабрь не предоставляем. Перечисляли зарплату с учетом вычета? То есть недоплатили НДФЛ по этому сотруднику? Он может вернуть вам сумму НДФЛ, но не обязан.
По идее вам надо пересдать уведомления, где отражен неверный НДФЛ (хотя при условии скорой сдачи 6-НДФЛ, я бы не стала этого делать) и доплатить налог в бюджет.