Прдскажите пожалуйста, при сумированом учёте рабочего времени, работодатель должен ли оплачивать...

Все зависит у  Вас оклад, или часовая ставка.

По окладу.

Nataly922 - с одной стороны работодатель должен оплачивать фактически отработанное время, с другой  "оклад (должностной оклад) - фиксированный размер оплаты труда работника за исполнение трудовых (должностных) обязанностей определенной сложности за календарный месяц без учета компенсационных, стимулирующих и социальных выплат." - ст. 129 ТК РФ. 

Досконально этот вопрос не урегулирован и отдан на откуп работодателю, есть 2 вариант, которые можно закрепитьс в локальных актах:

• платить за фактически отработанные часы, пропорционально норме по производственному календарю, а затем доплачивать 0,5 и 1 часть оклада за первые 2 часа и последующие часы сверхурочных соотвественно по итогам учетного периода;
• платить фиксированный оклад за отработанный месяц или в доле от графика за неполный месяц и по итогам учетного периода платить соотвественно 1,5 и 2 части от оклада, приходящиеся на переработку соотвественно.

Что записано в локальных актах у Вашего работодателя я не знаю, и тот и тот вариант не противоречит закону.

Если установлена часовая ставка, а не оклад - то только первый вариант, то есть строго фактические часы и 0,5 и 1 ставки за сверхурочные часы соотвественно за первые 2 и последующие часы.

Если в ответе что-то осталось непонятно задавайте дополнительные вопросы.