Налоговый орган не указывает выплату, как имущественный вычет. Возврат имущественного вычета является вашей переплатой налога.
Это вы, при заполнении формы 3-НДФЛ указываете сумму улаченного налога за год, и имущественный вычет (сумму, освобожденную от обложения налогом). В результате заполнения формы получается ваш финансовый результат - излишне уплаченный налог. Который ФНС и возвращает вам на счет, согласно вашего заявления.