В любом случае начать надо с того, что распровести оплаты с конца до ведомости, которая неправильно учлась при выплате
Ведомость следует создавать на основании начисления, а уже на ее основании - или платежки или списание с расчетного счета, иначе регистры НДФЛ будут неправильно заполнены