Добрый день!
Однозначного ответа на ваш вопрос у меня нет. Практики по данному вопросу я не нашла, честно говоря.
Но можно порассуждать. С одной стороны в кодексе указано условие, что вычет в размере 20% можно применять, если расходы не подтверждены документально. При этом нет никакого уточнения, какой процент расходов может быть не подтвержден, то есть нет условия, что не может подтвердить ни один вид расхода и только в этом случае применять вычет 20%. И совмещать оба варианта вычета нельзя. Таким образом, ИП с официальными работниками сразу лишается права на вычет в размере 20%, так как официальная выплата зарплаты сразу является подтвержденным расходом. Но при этом у ИП может не быть подтверждения расходов на товар, аренду, какие-то работы и услуги и так далее.
Если рассуждать дальше, то любой ИП уплачивает страховые взносы, которые тоже входят в профессиональный вычет и это тоже стопроцентно подтвержденные расходы. Получается, что никакой ИП не может воспользоваться вычетом 20%.
На мой взгляд, ИП все-таки может выбрать вид вычета и применять тот, который ему выгоден. Но, повторюсь, каких-то официальных подтверждений данной точки зрения я не нашла.
Выход - сделать официальный письменный запрос в налоговую, получить от них официальный письменный ответ и действовать в соответствие с ним.