Говорите - за наличку продал? Это - точно? А что у него с применением ККТ? Где деньги? Или опять же...

У "упрощенцев" с базой "доходы минус расходы" налоговая база не зависит от рентабельности/нерентабельности. Налоговая база - это его деньги, полученные наличными в кассу или на расчётный счет (за некоторыми исключениями), уменьшенные на величину расходов.

Большинство на таком режиме для уклонения от налогов просто доводят до "минимального" налога, максимально увеличивая свои расходы 

Причем, запросить подтверждение расходов налоговая имеет право только в случае подачи корректировки декларации с уменьшением налога:

В соответствии с п. 7 ст. 88 НК РФ при проведении камеральной налоговой проверки налоговый орган не вправе истребовать у налогоплательщика дополнительные сведения и документы, если иное не предусмотрено данной статьей или если представление таких документов вместе с налоговой декларацией (расчетом) не предусмотрено НК РФ.

Согласно п. 3 ст. 88 НК РФ, если камеральной налоговой проверкой выявлены ошибки в налоговой декларации (расчете) и (или) противоречия между сведениями, содержащимися в представленных документах, либо выявлены несоответствия сведений, представленных налогоплательщиком, сведениям, содержащимся в документах, имеющихся у налогового органа, и полученным им в ходе налогового контроля, об этом сообщается налогоплательщику с требованием представить в течение пяти дней необходимые пояснения или внести соответствующие исправления в установленный срок.

При проведении камеральной налоговой проверки на основе уточненной налоговой декларации (расчета), в которой уменьшена сумма налога, подлежащая уплате в бюджетную систему Российской Федерации, по сравнению с ранее представленной налоговой декларацией (расчетом), налоговый орган вправе требовать у налогоплательщика представить в течение пяти дней необходимые пояснения, обосновывающие изменение соответствующих показателей налоговой декларации (расчета).

Вообще, налоговики достаточно ограничены в правах по отношению к "упрощенцам". Удивляет наличие у Вам информации об отсутствии товара на складе ИП

Вы провели инвентаризацию у него? Она проводится с целью проверки достоверности документов при выездной проверки (ст. 89 НК)

Речь шла о преднамеренном желании запутать налоговую.

Есть у меня ощущение, что Ваш "клиент" свое желание воплотил (я во всяком случае не нахожу возможности найти у него нарушение законодательства, если выйти на получение им денежных средств у Вас не получается)