Как вариант, банк открывал вашему работнику счёт в период, когда он был ещё нерезидентом (имел иностранный паспорт). Для резидентов (с паспортом РФ) и нерезидентов (с паспортом другой страны) банк открывает разные счета.
Срок пребывания на территории РФ влияет на признание гражданина налоговым резидентом или нерезидентом. Налоговый нерезидент вполне себе может быть и гражданином РФ.