Strannik52, вы подаете декларацию на свои доходы, поэтому указываете в декларации именно свой доход.
И еще, раз квартиру вы продали по единому договору пополам, то и налоговый вычет в 1 млн. руб. делится пополам. И указать вычет вы должны 500 тыс. рублей. С остальной суммы уплачивается налог. В форме стандартный имущественный вычет предусмотрен, смотрите внимательнее.