На сколько я понимаю, хранить в электронном виде можно только электронные документы, то есть те, что подписаны квалифицированной электронной подписью, либо, в определенных случаях, простой электронной подписью.
Документы, сформированные в бухгалтерской программе, не являются электронными. Это всего лишь бланки, заполнение которых позволяет сформировать бухгалтерскую проводку по соответствующей операции. Чтобы соответствовать статусу первичного документа / регистра, форма должна содержать обязательные реквизиты, одним из которых является подпись лица, ответственного за оформление документа. Это либо собственноручная подпись на "бумажном" документе, либо ЭП – на электронном. Напомним также, что скан-копия первичного документа, составленного в бумажной форме, тоже не является электронным документом.
Согласно Стандарту "Концептуальные основы..." при наличии технической возможности учреждения вправе хранить именно электронные первичные документы и регистры на электронных носителях при условии соблюдения требований закона об использовании электронной подписи.