Все не так плохо ))
Имеется в виду, что если у вас на ЕНС будет висеть долг по другим налогам и взносам, то сначала спишут из этого положительного сальдо все, что требуется, а затем уже вернут, что останется.
Например, у вас возврат НДС по решению ФНС 100 000 руб. И вы должны заплатить взносы с зарплаты 30 000 руб.
А вы ошиблись, и заплатили 20 000 взносов.
Вот ФНС сначала из 100 000 к возврату возьмет 10 000 в счет уплаты взносов, а остаток 90 000 может вернуть, если вы заявление напишете.
На самом деле это уже давно такая практика. Еще до ЕНП и ЕНС, если у вас на момент возврата НДС висел должок по другому налогу - сначала гасили его, а возвращали, что останется. В этом смысле особо ничего не поменялось.