Вообще, чтобы все именно в 1С сделать правильно посередине года, надо соблюсти особую последовательность.
Перед формированием документа "ввод начальных остатков" надо закрытие месяца квартала, последнего на УСН, провести. Вы так делали?
Видимо, не так