Нет. вы рассуждаете не верно. Читаем внимательно ст. НК РФ. Пункт 1 пп.1: Излишне удержанная налоговым агентом из дохода налогоплательщика сумма налога подлежит возврату налоговым агентом на основании письменного заявления налогоплательщика, если иное не предусмотрено настоящей главой.
Пункт 1 пп.11: При отсутствии налогового агента налогоплательщик вправе подать заявление в налоговый орган о возврате излишне удержанной с него и перечисленной в бюджетную систему Российской Федерации ранее налоговым агентом суммы налога одновременно с представлением налоговой декларации по окончании налогового периода.
Как видим, не важно по какой причине призошло излишнее удержание налога и кто в этом виноват. Работни,. в данном случае общается с налоговым органом через посредника - своего работодателя, который является налоговым агентом. Если вы напрямую обратитесь в налоговый орган, то получите решение в качестве ответа, где, сославшись на ту же статью НК РФ вас попросят не прыгать через голову и обратиться к работодателю.
И, вам не нужно думать о перепроведении документов в бухгалтерии, им все равно придется это сделать. Не имеет право налоговая самостоятельно возвращать излишнеудержанный налог, у них тогда с вашим работодателем не будут бить цифры при сверке налогов.