Интересная ситуация.
Я бы рассуждала так. Сам по себе факт вручения повестки еще не значит, что сотрудник перешел по части выплаты пособий в МО. Чтобы перешел, надо, чтобы он по этой повестке явился и был призван. Вот это и надо в первую очередь выяснить. Успели его официально оформить как призванного на момент его попадания в больницу или нет?
Если да и в больницу его увезли уже из учебки - то ему должны выдать потом документы, из которых будет следовать, что по итогу он был на военной службе, допустим 10 дней. Из них 5 провел в больнице. Тогда больничный за 3 дня должно оплатить МО.
Если нет и в больницу сотрудник угодил до оформления отношений с МО, то выходит, вы поторопились замораживать ТД. И надо его размораживать, пропущенные дни оформлять как уважительные (являлся по повестке в военкомат), а далее оплачивать больничный, поскольку ТД продолжит действовать.