На всякий случай - уточняющие вопросы:
- после того, как настроили "учёт по складам", Вы в справочнике "склады" завели необходимое количество складов с их названиями?
наличие двух и более складов даст программе команду отражать поле «Склад» в документах.
После включения галочки все документы, где используются ТМЦ, необходимо перепровести с помощью группового перепроведения документов или обработкой «Закрытие месяца»
надеюсь, поможет .