Тогда у налоговой будет вопрос к этой организации, если мы этй сч. фактуру провели сентябрём этого...

Вопросы будут и к вам и к ним.

У них есть подписанный вами документ на эту отгрузку (счет-фактура или УПД), датированный прошлым годом? Если есть, то они обладают документальным подтверждением права на вычет. После этого вопросы останутся только к вам. А так как вы занизили налоговую базу за прошлый период, то обязаны подать уточненку. Если не подаете и ошибку выявляет налоговая, то вам - штраф.

Но это только в случае с НДС. Повторюсь, скорее всего они не отразили счет-фактуру в книге покупок (либо не отразили, либо они не плательщики). Тогда выявить вашу ошибку будет сложнее, но тоже возможно при встречных проверках, запросе документов вне рамок проверки и прочее.

Вы обязаны подать уточненку, то есть исправлять ошибку в прошлом периоде, а не в текущем. Все остальное - попытки избежать сложностей, которые незаконны и соотвественно могут привести к доначислениям.