ИП 6% занимается туризмом. 6% платим с разницы поступления денежных средств от покупателя и оплатой...

Добрый вечер. Чтобы показывать в КУДиР только свою комиссию или агентское вознаграждение, У вас должен быть заключен агентский договор с туроператором (или договор комиссии). Это должен быть не просто договор. Он обязательно должен содержать в себе подобную фразу: «агент обязуется за вознаграждение совершать по поручению другой стороны (принципала) юридические и иные действия от своего имени, но за счет принципала либо от имени и за счет принципала»
Также в договоре должен быть указан принцип расчета агентского вознаграждения и порядок распределения дополнительной выгоды.
Также должен иметься в наличии отчет агента.

Так что, смотрите в свои документы и делайте выводы, есть у Вас реальные посреднические отношения или нет.
Если есть, то в КУДиР только комиссия (агентское вознаграждение).
Если нет, то указывайте всё в доход и всё в расход.