ООО являясь заказчиком по инвестиционному проекту закупило 2008 году оборудование, в 2010 году...

Мне не очень понятно в чем суть вопроса. В 2018 году права на возмещение НДС нет, т.к. срок принятия НДС к вычету 3 года. Если оборудование куплено в 2008 году, то срок уже вышел.
Но у меня в одной из компаний был случай, когда мы несколько лет не принимали работы по договору подряда. Нам строили ТЭЦ. Шли суды, апелляции, кассации. Естественно, нам никто не давал счет-фактуру, т.к. мы отказались подписывать КС-2. Но ТЭЦ мы запустили, стали электроэнергию генерить. Работы ставили на учёт через оценку, т.к. замучали аудиторы и налоговая, что объект висит На сч.08. Ввели  объекты ОС. Судимся дальше...На одном из последних заседаний всплыл у подрядчика акт сверки расчетов, подписанный без разногласий. Оказалось, что один из бухгалтеров сформировала акты сверки по всем контрагентам автоматом, директор кучу актов подписал не глядя. Суд на основании этого акта признал работы сданными. Подрядчик прислал нам счет-фактуру. Уплатил ндс в бюджет. А мы приняли этот ндс к вычету. Нелегко конечно было протолкнуть этот счет-фактуру да еще в заявительном порядке. Долго бодались с налоговой. Но вернули ндс.
Так вот. Возможно у автора такая же ситуация? Не зря же он спрашивает про 2008 год.

Кстати, срок между выполнением работ и принятием НДС к вычету составил более 5 лет.