Да, ИП открывать вам надо в Питере и всю отчетность тоже в Питер направлять, не смотря на то, что патент будет приобретен в другом регионе.
Надо сказать, что это не всегда удобно. Бывают региональные программы поддержки бизнеса, которые обойдут вас стороной. Питер не поддержит вас, т.к. ведение деятельности будет не на его территории, а Москва откажет в поддержке, т.к. вы не ее ИП.
Понимаю, что не всегда есть возможность жить и работать ИП по месту прописки, имейте ввиду просто.