Если я правильно всё прочитала, то Б должен выставить счёт-фактуру А Яна вознаграждение (налоговая база для НДС номер 1). Клиентам счета-фактуры не нужны, но агент В действует от имени Б, и будь то юридические лица, от имени Б (от Вашей организации) выставлялись бы счёт-фактуры на сумму отчёта агента В). Это налоговая база номер 2.
Вычет НДС - это входящий НДС от агентского вознаграждения В.
И я не очень понимаю почему руководство не признаёт выручку принципала