1. Ваши отношения с заказчиком. Конечно, нехорошо, если счет и накладная разняться. И покупать у постащика, чтобы потом продать заказчику, надо один и тот же товар. Но учитывая специфику вашей деятельности, в счете можно написать "аванс за материалы" без конкретики. При этом необязательно, чтобы материалов было куплено ровно на этот аванс. Например, можно в счете и написать "плитка розовая 5 уп", а по факту купить плитку голубую (ну не было розовой!), главное, чтобы заказчик был согласен. В закрывающих документах для заказчика у вас будет указана плитка голубая, в документах от поставщика плитки у вас будет указана "плитка голубая". Проблем тут нет: купили голубую, использовали голубую. Розовая плитка в счете вообще никого не интересует (ну кроме заказчика, с которым вы договорились в итоге на голубую).
2. Ваши отношения с расходами. Комментировать фразу про цемент не берусь. Допускаю, что кто-то кого-то не так понял или не так интерпретировал.
Итак, вы выставили счет на розовую плитку (5 уп по 100 руб), но купили голубую (5 уп по 120 руб). Заказчик согласен, как мы помним, поэтому вам доплатит. Вы оплатили голубую плитку, оприходовали ее. Потом использовали для заказчика. Не вижу проблем в том, чтобы учесть затраты на голубую плитку в расходах.