Ольга, НДФЛ, уплаченный из собственных средств, не считается уплаченным налогом.
Если сложилась такая ситуация, что переплата произошла за счет средств работодателя, то зачесть этот показатель в счет будущих удержаний нельзя. То есть, удержан полностью сбор верно, а разница произошла именно за счет финансов предприятия, что фактически не является ошибкой. А это запрещено НК РФ! Об этом сказано в п. 9 ст. 226 НК РФ.
Поэтому сам налоговый агент, то есть, работодатель, должен написать заявление в налоговые органы по месту своей регистрации на возврат излишка. Вся переплата может быть возвращена налоговому агенту после сверки расчетов.
В документах по форме 6 НДФЛ всю разницу переплаченного сбора отражать не нужно по причине того, что начислено и удержано все было верно, ошибка произошла именно при заполнении платежного документа.