НДФЛ-округление в 1 рубль - в порядке вещей.
Особенно, если был какой-либо перерасчёт (например, 1 начисление разбилось на 2) Каждая часть начисления облагается НДФЛ отдельно, а налог до рубля округляется.
Программа может "ругнуться", скорректируйте на этот рубль.
Это аналогично округлениям в РСВ, где приходится тоже копейки подгонять