Налоговая будет проверять сделку на выявление необоснованной налоговой выгоды. И ограничение здесь всего одно, которое установлено пунктом 1 статьи 105.3 НК РФ. В частности, там сказано, что рыночная цена может применяться для целей налогообложения только если это не приводит к уменьшению суммы налога, подлежащего уплате в бюджетную систему РФ, или увеличению суммы убытка. А значит налоговики должны учитывать принцип симметрии: увеличение цены влечет не только увеличение дохода для одной стороны сделки, но и увеличение расхода для другой.
Нюаносов тут миллион, но из своей практики скажу, что с 2002 до 2010 года вела ООО и ИП одного и того же учредителя, где ИП очень часто выступал подрядчиком. Никаких претензий со стороны налоговой не было, т.к все строительные работы проводились по сметам, составленным по единичным расценкам базисно-индексным методом.