Вроде бы как ФНС в своих разъяснениях говорит, что налоговая база считается отдельно по каждому налоговому агенту. (Письмо Федеральной налоговой службы
№КВ-4-20/11364@ от 12.08.2021).
Можно ли считать филиал отдельным налоговым агентом?
Отчетность по НДФЛ подаёт и налог уплачивает головное подразделение? Скорее всего, это будет один налоговый агент, доход надо учесть совокупно за весь период.
2021год является "переходным", и можно предположить, что с 01.01.2022 введут "новые правила игры", потому что именно Ваш вопрос является неоднозначным.