"И вот в 4 квартале совсем непонятно. Получается, что мы в 3 квартале заплатили лишнего? И что дальше делать с этим?"
Если имеете в виду, что авансовых платежей уплачено больше, чем налог к доплате за период (З квартал) - будет "переплата".
Я в другой ветке ответила как поступать с приведением примера.