Да, книга покупок и продаж заполняется не на основании проводок по 68.02, а по регистрам накопления НДС. (Если об 1 С речь)
Если Вы правили только 68.02 - в формировании КПК иКПР ничего не изменится.
Причем тут доплист - вообще не понимаю: сторно за прошлый период?