Если товар купил подотчетник то компания тоже становится учатником системы прослеживаемости?

Если подконтрольный товар потребовался в деятельности компании, надо уведомить инспекторов.  Система налогообложения в данном случае не имеет значения.

Если вы направили сотрудника купить технику, например, мониторы, обязательно выпишите ему доверенность, ведь он действует от в данном случае действует от имени вашей компании.
⠀
Продавец должен оформить электронный счет-фактуру или УПД. Такой порядок следует из подпунктов «в» и «г» пункта 13 Положения о национальной системе прослеживаемости.
⠀
Вы же должны обеспечить прием таких документов. Как продавец, так и покупатель должны будут сообщить инспекторам об операции с прослеживаемыми товарами.
⠀
Возможна и другая ситуация, когда работник покупает технику за свой счет, а впоследствии компания возмещает расходы на эту покупку ...  Тут достаточно пробить кассовый чек, счет-фактура или УПД не оформляются.
⠀
Дело в том, что при продаже товаров физлицам для личных нужд прослеживаемость прекращается. Продавец сообщит в налоговую о прерывании прослеживаемости.

В Вашем случае прослеживаемость товаров не прекращается, так как подотчетное лицо приобрело его для предпринимательской деятельсности. При этом Вы как покупательв соответствии со статьей 169 НК РФ должен обеспечить получение электронного счета-фактуры по телекоммуникационным каналам связи через оператора электронного документооборота (Письмо Минфина России от 23.08.2021 № 27-01-22/67650). Сооветственно, Вам придется сдавать отчет о прослеживаемости импортных товаров на общих основаниях.