Сергей, мы планируем третий вариант, каждому сотруднику будем начислять натуральный доход,...

Обязательное включени еусловия о предоставлении притания в трудовой договор, если ест ьв коллективный договгор, можно даже в ПВТР раздел сделать если коллективного нет. В положение по оплате труда я бы включать не стал, это все таки больше гарантия инициативного порядка не входящая в состав именно зарплаты, она не зависит от трудовых успехов работника (ст. 129 ТК РФ).

Самое сложное организовать индивидуальный учет - это нужно будет решать через программистов, например, пробивать по пропуску или выдавать талоны, а потом их подсчитывать.

Стоимость бесплатного питания облагайте НДФЛ и страховыми взносами (Письмо Минфина от 17.05.2018 N 03-04-06/33350).
Входной НДС по питанию принимайте к вычету как обычно. На стоимость питания, предоставленного работникам, начисляйте НДС (Письмо Минфина от 27.01.2020 N 03-07-11/4421).

Кейтеринговая компани предоставляет Вам питание, вы с ней рассчитываетесь:

Дт 20, 26 Кт 60 - акт на итоговую сумму питания, за месяц (вот его надо будет сводить с данными индивидуального потребления).

Есть еще такой вариант , на сумму питания от поставщика Дт 70 КТ 60  от поставщика, ДТ 20,26 Кт 70 при предоставлении питания работнику.

Дт 19 Кт 60 - Если поставщик работает с НДС

Дт 60 Кт 51 - вы оплатили

А вот дальше по данным индивидуальног оучета по каждому работнику:

Дт 20,26 Кт 69- взносы

Дт 70 Кт 68 - НДФЛ с суммы питания

По учету выданного питания - чисто ваше внутреннее решение, как Вы будете оформлять, например составлять ежедневные ведомости получиших питание (им будут пользоваться не все, во всяком случае у нас когад вводили, част ьсотрудников столовой не пользовались)