В середине года предприятие (розничная торговля) решило перейти с УСН на ЕНВД. ФНС дало добро и не...

Ну, вообще, просто так сменить УСН на ЕНВД по одному и тому же бизнесу в середине года нельзя. Например, пару месяцев вы продавали чехлы для телефонов на УСН, а потом решили перевести это дело на ЕНВД. Сделать это получится только с начала следующего года. Это связано с тем, что налоговый период по УСН составляет 1 календарный год.

Другое дело, если вы берётесь за новый бизнес, тогда сможете вести его на ЕНВД с самого начала — пусть даже в середине года. Ведь вы не отказываетесь от УСН, а совмещаете её с ЕНВД.

Такое же правило, если деятельность единственная, и в рамках УСН по ней вы ещё не получали доходов. Например, при регистрации подали заявление на УСН, деятельности поначалу не вели, а через месяц решили начать её на ЕНВД. Тогда спокойно подаёте заявление и начинаете сразу вести бизнес на ЕНВД. От УСН не отказываетесь — оставляете для подстраховки. 

Как вы сделали, мне не ясно, если будете совмещать, то  тогда, да, все верно, по старому виду деятельности платите спокойно УСН сколько получается, по новому виду деятельности соответственно платите ЕНВД. Будете вести раздельный учет.