Все правильно. ИМенно в той последовательности, которую Марина описала. Сначала доплата плюс сами рассчитайте пеню, и только потом уточненную декларацию.
Если налоговая сама найдет занижение доходов, то эта ошибка обойдется вам дороже. Там еще штрафы присовокупятся.