Плательщики НДС обязаны выставлять счета, выделяя НДС. Все и всегда оплачивают НДС, если он выставлен в счете. Вы этот налог не платить, вы оплачиваете счет, т.е. платите цену, в которую включен НДС. Компании и ИП, которые работают на спецрежимах, часто покупают товары и услуги у тех, кто работает на общей системе налогообложения. И все они заполняют платежки с указанной суммой и выделяют НДС.
В чеке в магазине тоже выделен НДС, и мы все его оплачиваем, потому что наш продавец является плательщиком этого налога, и таким образом он его рассчитывает.