Добрый день.
Сложно Вам что-либо советовать, когда Вы перед фактом поставили, что перешли на УСН "Доходы минус расходы"
Без количественного и партионного учёта Вам будет сложновато доказать, что Вы взяли в расход то, что имели право брать: оприходованный, реализованный и оплаченный поставщику товар (все 3 условия одновременно).
И не совсем я поняла: чего у Вас нет - 1С или ККТ? Без 1С обойтись можно, есть другие программы, а вот без ККТ в рознице не представляю себе работу (если Вы не ИП)