Подскажите, пожалуйста. Жену вынуждают оформить самозанятость, чтобы оформить не трудовой договор,...

Для самих работников переход на режим самозанятых невыгоден, так как лишает их пенсионных взносов и гарантий, предусмотренных Трудовым кодексом. Оштрафовать и посадить в тюрьму не должны))

Пусть она соберет любые пусть даже косвенные доказательства, что ее вынудили перейти на самозанятость. В данном случае превисно нарушение ТК РФ и наказание в этомслучае светить работодателю. В соответствии со ст. 5.27 КоАП РФ - нарушение законодательства о труде и об охране труда - на работодателя может быть возложен административный штраф как на юридическое лицо - от 30 тыс. до 50 тыс. руб. или наказание в виде административного приостановления деятельности на срок до девяноста суток. Кроме того пп.8 п.2 ст. 6 Федеральный закон от 27.11.2018 N 422-ФЗ прямо указывает на невозможность заключения договора с самозанятым лицом, работавшим в организации менее 2- лет назад. Кроме того, компания должна будет уплатить взносы с выплаченных сумм, понести наказание как налоговый агент неудержавший НДФЛ  в полном объеме.

Что касается самозанятого, теоретически возможно в этом случае привлесь его к уплате  недоплаты по НФДЛ (грубо говоря 13%- 4%) с суммы полученных доходов с пенями. Но пока такой практики нет и сказать насколько это реально сложно.